Gia' nell'epoca gallica il territorio di Minerbio risulta essere abitato ma lo sviluppo dovuto ai romani si desume sia dai segni della centuriazione ancora visibili e dall'origene etimologica del nome stesso che si puo' quasi certamente far risalire ad un antico tempio dedicato alla dea Minerva.

Un documento del 1223 fa preciso riferimento ad un agglomerato urbano della periferia bolognese posto sotto la giurisdizione del quartiere di Porta San Cassiano.  In quel medesimo periodo conobbe una fortissima immigrazione di mantovani attratti dall'amministrazione del capoluogo che offriva terre a condizioni particolarmente accattivanti al preciso scopo di vederle rendere dal punto di vista agricolo. Queste famiglie (oltre 150) furono attratte dalla possibilita' di non dover pagare imposte per 30 anni.

Grande lustro ebbe Minerbio a partire dall'inizio del 1300 per l'importante ascesa della dinastia degli Isolani nobile famiglia di Bologna che continuo' ad avere una notevole influenza fino ad oltre il settecento. Nel 1369 Domenico Isolani fece erigere una chiesa dedicata alla popolazione; all'inizio del 1400 gli isolani ebbero l'ufficiale concessione di un feudo sul territorio di Minerbio ad opera dei Visconti che erano la famiglia che comandava su Bologna.

Nel 1412 Giacomo Isolani si batte' con i suoi uomini al fine di riportare il governo dello stato Pontificio su Bologna e questa sua fedelta' gli valse tra l'altro il titolo di Cardinale.

Verso la seconda meta' del 1400 i Bentivoglio, potenti signori di Bologna tolsero il feudo agli Isolani e li cacciarono.

Nel 1524 con una bolla di Papa Clemente VII il feudo fu restituito anche se in dimensioni piu' ridotte rispetto a quello originale. Gli Isolani tornarono comunque a prosperare, la rocca venne ristrutturata ed ampliata nonche' magistralmente abbellita dagli affreschi del noto pittore bolognese Amico Aspertini. Alcuni sono ancora oggi visibili all'interno del castello.

Le cronache riferiscono anche che Minerbio fu risparmiato miracolosamente dalla devastante peste del 1630 che viceversa falcidio' pesantemente le popolazioni delle zone circostanti.

Dal 1734 cadde definitivamente il feudo degli Isolani e Minerbio passo' sotto la dipendenza del senato bolognese.

Il territorio conobbe un periodo molto favorevole di espansione e sviluppo con la costruzione della tramvia a vapore che collegava Bologna a Malalbergo.